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Qiagen AllprepFFPE DNA/RNA Kit(50)試劑盒分子生物試劑

更新時間： 2023-07-27
產品型號： 80234
簡單描述
Qiagen AllprepFFPE DNA/RNA Kit(50)試劑盒
從福爾馬林固定、石蠟包埋的組織切片中同時純化基因組DNA和總RNA（包括小RNAs）

使用小樣本量即可獲得大量純化產物
在純化同時，保持DNA和RNA的完整性
高效分離RNA和DNA
對同一FFPE樣本進行全面的DNA和RNA分析

詳細介紹

Qiagen AllprepFFPE DNA/RNA Kit(50)試劑盒

如要對基因組學和轉錄組學數據進行可靠比較，則需從同一樣本中純化DNA和RNA。AllPrep DNA/RNA FFPE Kit使用的溶解方法，從福爾馬林固定、石蠟包埋的組織樣本中純化DNA和RNA。純化產物適用于real-time PCR和焦磷酸測序等應用。

從FFPE樣本中純化DNA和RNA。

[A] 從多個大鼠FFPE組織樣本中純化基因組DNA并儲存于室溫。使用AllPrep DNA/RNA FFPE Kit或QIAamp DNA FFPE Tissue Kit（專用于從FFPE樣本中純化DNA的試劑盒，作為對照）進行純化，兩種試劑盒都含有RNase消化試劑。采用吸光度測定方法檢測每個20 μm組織切片的DNA產量。[B] 從多個大鼠FFPE組織樣本中純化RNA并儲存于室溫。使用AllPrep DNA/RNA FFPE Kit或RNeasy FFPE Tissue Kit（專用于從FFPE樣本中純化DNA的試劑盒，作為對照）進行純化。采用吸光度測定方法檢測每個10 μm組織切片的RNA產量。從FFPE組織中純化DNA或RNA時，AllPrep Kit的表現與專用的純化試劑盒表現相當。

對預擴增的cDNA進行芯片分析。

使用AllPrep DNA/RNA FFPE Kit從人類乳腺FFPE組織中純化總RNA。然后使用RT2 FFPE PreAMP技術進行逆轉錄。使用Human Cell Cycle RT2 Profiler PCR Array，通過real-time PCR進行基因表達分析，將腫瘤樣本與非腫瘤樣本進行對比。ΔΔCT分析顯示：腫瘤樣本中的基因表達與非腫瘤樣本的基因表達存在x倍的差異。

對FFPE樣本中的DNA和RNA進行可靠擴增。

使用AllPrep DNA/RNA FFPE Kit或專用于從FFPE樣本中純化DNA或RNA的試劑盒（QIAamp DNA FFPE Tissue Kit 或RNeasy FFPE Kit，作為對照）從大鼠FFPE組織中純化獲得[A] DNA 和[B]、[C] RNA。在ABI PRISM 7900HT Sequence Detection System上，使用[A] QuantiTect SYBR® Green PCR Kit對78 bp的Prnp基因擴增子進行Real-time PCR分析，或是用[B]、[C] QuantiTect SYBR® Green RT-PCR Kit對Jun原癌基因表達進行real-time RT-PCR分析。AllPrep Kit和另外兩個專用試劑盒的CT值相當，表明三種試劑盒純化DNA或RNA的效率相當。[C] 此外，在沒有逆轉錄酶（–RT）的條件下分析了Jun基因的表達。脾臟是富含DNA的組織，其擴增曲線平坦，說明純化的RNA中不含基因組DNA。

AllPrep DNARNA FFPE樣本純化步驟。

Qiagen AllprepFFPE DNA/RNA Kit(50)試劑盒

性能

使用AllPrep DNA/RNA FFPE Kit純化的DNA和RNA的質量與使用QIAamp FFPE Tissue Kit和RNeasy FFPE Kit/miRNeasy FFPE Kit純化的產物的質量相當。因此，純化產物可用于焦磷酸測序、real-time PCR和RT-PCR等下游應用。

原理

AllPrep DNA/RNA FFPE Kit專為從FFPE樣本中同時純化基因組DNA和總RNA而設計。該試劑盒可使用同一樣本純化DNA和RNA，而非像其他純化方法那樣，需將樣本分為兩份再分別進行純化操作。如將樣本分為兩份分別純化DNA和RNA，其純化出的DNA和RNA來自不同的細胞群落，可能具有不同性質特征。從同一樣本中同時純化DNA和RNA可減少浪費，因為FFPE樣本是十分珍貴的樣本，通常很難恢復且樣本量少。

由于固定和包埋，FFPE樣本中的核酸通常都嚴重片段化，核酸的分子量通常小于從新鮮或冷凍樣本中分離出的核酸的分子量。從同一FFPE樣本中分離DNA和RNA面臨著很大困難：片段化的DNA長度短，且部分是單鏈結構；因此其更像RNA，而非完整的DNA。片段化DNA這一特性使得用物理方法分離DNA和RNA十分困難。AllPrep DNA/RNA FFPE Kit使用的溶解方法，從同一個FFPE樣本中分別釋放DNA和RNA。

盡管標準的質量控制分析（如凝膠電泳或芯片分析方法）無法檢測到甲醛的化學修飾，但其對酶分析有嚴重干擾。AllPrep DNA/RNA FFPE Kit已經過優化，可zui大程度上逆轉甲醛化學修飾，而不引起DNA和RNA的進一步降解。

操作流程

簡單的流程可從同一個樣本中純化高品質DNA和RNA。AllPrep DNA/RNA FFPE Kit使用的溶解方法，從同一個FFPE樣本中分別釋放DNA和RNA。使用這種方法時，FFPE樣本要在優化的裂解緩沖液中孵育，使得RNA釋放出來，而DNA形成沉淀。離心后，將含有RNA的上清和含有DNA的沉淀分別處理，純化RNA和DNA。再次進行孵育有一定的解交聯作用，然后使用RNeasy MinElute或QIAamp MinElute離心柱純化RNA和DNA。用柱上DNA酶處理純化的RNA，以有效去除DNA污染。根據RNA與離心柱的結合情況，純化的RNA中可能含有也可能不含miRNA等小RNAs。對于純化后的DNA，可選擇性進行柱上RNA酶消化，因為在離心前的DNA和RNA分離步驟中RNA污染水平已達到zui低。

應用

盡管AllPrep DNA/RNA FFPE Kit已經過優化，可zui大程度上逆轉福爾馬林化學修飾，而不引起DNA和RNA的進一步降解；但從FFPE樣本中純化獲得的核酸不應該用于需要大分子量DNA或完整長度RNA的下游應用。一些應用可能需要進行化學修飾后，再使用片段化核酸（如：設計PCR和RT-PCR的小擴增子）。在cDNA合成中，應使用基因特異性引物，而非oligo-dT引物。如果無法使用基因特異性引物，則可使用任意引物。

特點	參數
Applications	PCR, qPCR, real-time RT-PCR, microarray
Elution volume	RNA: 14-30µl ; DNA: 30-100µl
Format	Spin column
Main sample type	FFPE tissue samples
Number of preps per run	50
Processing	Manual (centrifugation)
Purification of total RNA, miRNA, poly A+ mRNA, DNA or protein	RNA (miRNA) and DNA
Sample amount	max. 410 µm sections or 220 µm sections
Technology	Silica technology
Time per run or per prep	6h for 10 samples, including sectioning
Yield	Varies

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